CLR-Seq: ヒトC型レクチン受容体との相互作用を介した免疫関連グリカン部位を持つ細菌微生物叢種を同定するパイプライン

細菌のグリカンは免疫相互作用の重要な構成要素であるが、現在のオミクス技術ではこの翻訳後情報を捉えられないため、複雑な微生物群集に存在する多様なグリカンランドスケープに関する知見が不足している。本研究では、先天性グリカン感知受容体であるC型レクチン受容体(CLR)を、16S rRNA遺伝子配列決定と組み合わせて細菌細胞ソーティングのプローブとして利用し、特定のCLR反応性グリカンプロファイルを持つ微生物叢種を同定する実験的CLRシーケンシング(CLR-seq)パイプラインを確立した。このパイプラインは、ヒトマクロファージガラクトースC型レクチン(MGL)およびランゲリン(CD207)を用いて構築され、低存在量でも既知の相互作用株を同定できた。健常者由来の糞便微生物叢サンプルに適用した結果、特定のランゲリンおよびMGL相互作用細菌種が同定され、単一培養で検証された。CLR-seqは、CLR相互作用グリカンに基づいたヒト微生物叢種の同定を可能にするモジュラープラットフォームであり、他のCLRや患者サンプルへの拡張も容易である。CLRは抗原提示細胞の樹状突起に高密度に発現しているため、この経路はホメオスタシス中のクロスバリア認識と環境サンプリングに役割を果たす可能性がある。