心筋梗塞における免疫浸潤に関連する候補マクロファージ・強死細胞関連遺伝子の同定:バイオインフォマティクス解析

心筋梗塞(MI)は、罹患率と死亡率の主要な原因であり続けている。MIにおけるマクロファージ媒介性炎症と強死細胞関連ストレス応答の両方が関与しているが、マクロファージおよび強死細胞関連候補遺伝子のトランスクリプトーム同定には、偽陽性所見の厳密な管理が必要である。本研究では、2つの末梢血トランスクリプトームデータセット(GSE29532およびGSE48060)を統合し、プローブアノテーション、独立した正規化、共通遺伝子に基づくマージ、ComBatバッチ補正を行った。差次的発現解析はlimmaパッケージを用いて行われ、adj.P.Val < 0.05を主要な閾値とした。合計213個の差次的発現遺伝子(101個の上昇、112個の下降)が同定された。FDRサポートのDEGとマクロファージ関連および強死細胞関連遺伝子セットを交差させた結果、SMAD7、MMD、PTPN6、DDIT3、AKR1C3、PHF21A、ACSL1の7つの主要なMFRDEGが特定された。GOエンリッチメント解析は、入力遺伝子セットが小さいため探索的機能アノテーションとして解釈された一方、全ランク遺伝子GSEAはTNFA/NF-kB炎症シグナル伝達、補体関連自然免疫シグナル伝達、および活性酸素種関連転写プログラムを強調した。PPI解析では7つの主要MFRDEG間の信頼できる相互作用が得られなかったため、相互作用由来のハブ遺伝子の定義ではなく、候補遺伝子の優先順位付けが行われた。ssGSEAはMIにおける堅牢な好中球関連の変化を示唆したが、マクロファージおよび単球関連シグネチャはFDR補正後にトレンドレベルの変化を示した。選択された候補遺伝子に対して探索的ROC解析が実施された。RT-qPCR検証により、SMAD7、PTPN6、DDIT3、PHF21A、ACSL1が増加し、MMDおよびAKR1C3が減少することが示され、トランスクリプトームの結果と一致した。これらの発見は、マクロファージおよび強死細胞関連の転写変化とMIにおける免疫シグネチャとの関連性について、FDRサポートの候補レベルの証拠を提供するものであり、より大規模なコホートおよびメカニズム研究でのさらなる検証に値する。