リガンド依存性エンハンサー活性化は、クロマチン領域内の非標的プロモーターを間接的に調節する

ヒト細胞における転写は、RNAポリメラーゼや多数の転写因子(TF)を含むタンパク質がクロマチンに結合することで行われる。これらのタンパク質は転写工場と呼ばれる巨大分子クラスターを形成する傾向があるが、その形態や組成は議論の的となっている。本研究では、異なるタイプのTF複合体のクロマチン結合・解離ダイナミクスを模倣するクロマチンポリマーモデルを開発した。その結果、クラスターサイズが主に、特殊化された(分離した)クラスターと混合クラスターのどちらが形成されるかを決定することが明らかになった。混合を促進するメカニズムは、クロマチンとタンパク質間の非特異的相互作用の存在であり、クラスターが大きくなる…

乳がんの進行に伴うエピジェネティックおよび遺伝子発現プログラムの大規模な変化の中で、ゲノムの高次構造の変化は十分に理解されていなかった。MCF10細胞モデルを用いた高解像度Micro-Cマッピングにより、クロマチンコンパートメント、トポロジカル関連ドメイン、クロマチンループがプロファイリングされた。大規模なコンパートメントシフトは主にがん発生の初期段階で起こり、トポロジカル関連ドメインとループのより微細な構造変化は、転移への移行後期に蓄積することが判明した。これらのクロマチン特徴と遺伝子発現およびエンハンサー関連ヒストンマークとの関連を調べた結果、発現が変動する多くの遺伝子が遠隔制御要素と物…

線虫 C. elegans を用いたパイロットスタディにおいて、ゲノム全体にわたるタンパク質タグ付けの実現可能性が検証された。本研究では、3つの異なる蛍光タグを同時に導入し、30個の遺伝子座をタグ付けすることを目指した。発現レベルの異なる必須遺伝子を選択することで、遺伝子機能の破壊やタグ付けされたタンパク質の可視性に関する課題が検討された。このタグ付け手法は非常に効率的であり、タンパク質の発現および局在の予期せぬ細胞内・細胞小器官レベルでのパターンが明らかになった。本研究は、より多くの遺伝子座、最終的にはゲノム全体へのタグ付け手法のスケールアップを促進することが期待される。

• MORC2が液-液相分離により動的な核凝縮体を形成し、転写抑制に必須であることがマウスニューロンで実証された
• CC3コイルドコイル領域の3.1Å結晶構造が解かれ、二量体スキャフォールドが同定された
• CMT2ZおよびSMA関連の病原性変異がMORC2凝縮体の物性を摂動することが明らかになった

• AGR2ノックアウト(CRISPR-Cas9)により乳がん細胞の遊走・浸潤・化学療法耐性が顕著に抑制された。
• トランスクリプトーム解析とタンパク質間相互作用ネットワーク解析により、ESR1/ERαがAGR2制御ネットワークの主要ハブ遺伝子として特定された。
• 公開エピゲノムデータとの統合解析が、ERα関連クロマチンランドスケープとAGR2発現の制御的接続を支持した。